健全本校內控機制並遵循教育部之規定，本校依據教育部於98年12月9日以台參字第0980188736C號令發布「學校財團法人及所設私立學校內部控制制度實施辦法」，99年11月17日由董事會通過「馬偕醫護管理專科學校內部控制度」，俾利落實內控之執行。 迄今已二度次修訂，現行為第三版，為102年7月26日第13屆董事會第30次會議修正通過。 「馬偕學校財團法人馬偕醫護管理專科學校內部控制制度」包含學校人事事項、財務事項、教學事項、學生事項、總務事項、研究發展事項、產學合作事項、國際交流及合作事項、資訊處裡事項及其他營運事項。並自100年度起施行內部稽核，俾使本校各單位透過內部稽核作業程序，適時發現問題，立即採取應變及改善措施，以確認並維持各項作業之合法性、正確性，協助校長合理確保內部控制制度之有效程度。104年3月6日校務會會議通過，跨單位組成內部控制推動委員會，以檢討現有內部控制作業，設計有效內部控制制度，檢查評估制度執行情形．為健全並督導內控制度。依據教育部「學校財團法人及所設私立學校內部控制制度實施辦法」(106.05.12)，經106年7月13日校務會議通過，為內部控制委員會。並訂定內部稽核實施辦法並經董事會通過。
