馬偕護專自民國59年7月立案以來，即設置圖書室。起初因書籍不多，乃使用一間教室當圖書室，後來藏書漸漸增加，空間不敷使用而遷至慈輝樓地下室。民國87年因應改制專科，再擴充至原有的面積約兩倍，並於民國88年改制後稱為「圖書館」，同時更換圖書館自動化系統，由原先的學英三號DOS版換成Dipper3.0系統，將各項作業及服務電腦自動化。民國93年遷至新落成之綜合教學大樓，面積擴至逾1000平方公尺，館藏及服務之質量均大幅提升。民國95年三芝校區啟用，三芝圖書館亦開始服務師生，馬偕專校圖書館正式進入雙館時代，總面積擴至逾7000平方公尺，民國97年更換圖書館自動化系統為Aleph，整合雙館資源，提高服務效率。

本校圖書館以服務全校教職工生為宗旨，主要服務內容係提供圖書、期刊、視聽多媒體及電子資料，並以符合教學、研究、休閒生活及個人興趣多元需求為目標，秉持學術、閱讀自由的原則，以下列工作為努力的方向：

(一)每年在固定預算範圍內，採訪、蒐集及保管有關教育性、知識性、修養勵志性及休閒娛樂性資料。
(二)提供讀者可靠的圖書相關資訊。
(三)舉辦有關鼓勵讀者有效利用本館資源的教學活動。
(四)與其他同性質的圖書館或學術文化團體資源共享與合作。
(五)提供讀者國際性、終身學習的教育環境。

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