本科為「馬偕紀念醫院看護婦訓練學校」前身，民國59年7月政府立案為「馬偕高級護理職業學校」，民國88年改制前培育畢業生共計6838人，遍布國內外各地，表現優異。為順應社會發展趨勢及提昇護理教育層級之政策，本校於民國88年8月1日改制為「馬偕護理專科學校」，開啟本科招收二專2班150人，與五專4班含花東公費生共215人。隔年增設護理科二年制夜間在職專班4班，提供臨床護理人員高職畢業生進修之機會。

　　為協助原住民生就業競爭力，本科提供「原住民家庭翻身教育專案計畫」，由99學年度至104學年度，共規劃培育280人。另外，配合東部獎助生的培育，由台東馬偕紀念醫院提供10名學生獎助費用，陸續有台東基督教醫院及花蓮門諾醫院的加入，於109學年度東部獎助生共培育48人，對於穩定偏鄉人力具有相當的助力。

　　為因應學校永續發展及增科情形，於民國95年8月學校啟用三芝校園，本科學生一至三年級在三芝校園學習，四至五年級學生以關渡校園學習為原則，各專業教室配合學生學習背景分別建置在此二校園。